种子的处理主要因果实的种类而异。
干果类种子采收后，应尽快干燥。首先连株或连壳晾晒，或覆羔后晾晒，或在通风处阴干（切忌直接暴晒）。通常含水量低的用“阳干法”，如丁香、金丝桃、合欢、锦鸡儿、皂英、刺槐、樟树等；含水量高的用“阴干法”，如柳树、杨树、榆树、杜仲等。经初步干煤后，再脱粒并采用风选或筛选，去壳、去杂。最后进一步干燥至含水量达安全标准：8％一15％。
肉果类种子因果肉内含有较多的果胶及糖类，容易腐烂，滋生霉菌，并加深种子的休眠，故果实采收后必须及时处理，如小菜、山格、忍冬、木兰、柿、普蔽属、花揪届、桔属等。先加适量清水，或经短期发酵（21℃下4天），或直接揉搓，再脱粒、去杂、阴干。
球果类种子的球果采收后一般只需暴晒3一10天，脱粒后再风选或筛选去杂即可，如油松、侧柏、云杉、落叶松等。
种子去杂，即净种后，或净种的同时，一般还要采用风选、筛选及粒选等方法对种子进行分级，以保证生产中出苗和成株整齐，便于统一管理。
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